Nella raccolta piazza Pecori, in alcuni ambienti del Palazzo della Prepositura, espone opere provenienti dal Duomo e da Chiese del territorio tra cui i dipinti di Benozzo Gozzoli, Matteo Rosselli e Bartolo di Fredi e sculture di Benedetto da Maiano, Pietro Torriggiani e Francesco di Valbrino. Inoltre, paramenti e oreficerie sacri e antifonari miniati da Nicolò di Ser Sozzo Tagliacci e da Lippo Vanni.