Il complesso religioso, una delle più potenti e ricche comunità monastiche dell’Italia centrale (i suoi possedimenti giunsero fino in Abruzzo e nelle Marche) , fu fondato nel VI secolo in un ubicazione più prossima alla moderna Fara in Sabina e ricostruito nel sito attuale nel 680 dalla comunità creata da S. Tommaso di Marianne. Farfa però raggiunse l’apice del potere politico – economico e dello splendore culturale dopo la cacciata dei saraceni che avevano perso l’abbazia nell’898 al termine di un assedio di 7 anni e ne avevano fatto base delle loro scorrerienell’Italia centrale. Guidata da personalità insigni al tempo delle investiture parteggiò per il potere imperiale. Il declino iniziò nel XV secolo , quando fu trasformato in commenda . Divenuta esigua la comunità monastica scomparve con l’Unità d’Italia e l’abbazia divenne proprietà privata. Fu ricostruita nel 1919 con il trasferimento di monaci dalla basilica di S. Paolo fuori le Mura a Roma.
Al complesso religioso si accede attraverso un portale quattrocentesco, che immette in un cortile. Qui prospetta la facciata della Chiesa di S. Maria di Farfa, ricostruita ne 1492 con orientamento perpendicolare rispetto alla precedente costruzione di età carolingia, alla quale si sovrappone in corrispondenza del transetto.