Situato circa 24 km a sud di Malindi, Watamu è un altro rinomato villaggio balneare, con spiagge sabbiose e numerosi alberghi, anche se, rispetto a Kilifi, qui l’atmosfera è molto più vicina a quella tipica dei resort. Al largo della costa si estende la parte più meridionale della Malindi Reserve, mentre sulla terraferma sorgono, a poca distanza, le foreste incontaminate della Arabuko Sokoke Forest Reserve e le rovine dell’antica città swahili di Gedi.
In questo punto la costa è suddivisa in tre baie distinte, separate l’una dall’altra da promontori le cui rocce sono profondamente incise da fenomeni di erosione. Con la bassa marea, ognuna di queste baie si trasforma in una larga lingua di terra.